Редкий вид, численность которого продолжает стремительно сокращаться. В настоящее время обитает в Брунее, Дар-эс-Саламе, Камбодже, на островах Индонезии (Борнео, возможно, Ява), в Лаосе, Малайзии (Сабах, Саравак), Мианмаре (Бирме), Таиланде, Вьетнаме. Исчез из некоторых районов исторического ареала или же существует весьма малыми популяциями, не способными к размножению (в Таиланде).
Предпочитает пресные, медленно текущие реки, обитает в болотах, по отмелям рек и в густой речной растительности. Может встречаться в реках и озерах, а также в прибрежных водах, но это уже вынужденные местообитания, и сиамский крокодил чувствует себя там не слишком комфортно.
Крокодил средних размеров, самцы имеют длину 3–4 м, однако длина большинства из них не превышает 3 м, самки несколько меньше.

 Молодые крокодилы сиамских крокодилов напоминают молодняк светлоокрашенных гребнистых крокодилов (золотисто-желтый фон с черными полосами на теле и хвосте), но взрослые особи имеют более широкие морды и отличаются от родичей размером и формой чешуи на шее (горле).
Днем отсиживается в разнообразных убежищах, на охоту выходит преимущественно ночью. Рацион разнообразен, преобладают в нем рыба, амфибии и водные беспозвоночные. Часто ловит рептилий, водных птиц, мелких млекопитающих. Молодые крокодилы питаются водными беспозвоночными и насекомыми.
Половой зрелости сиамские крокодилы достигают в возрасте 10 лет при длине тела 1,7–2 м. Брачные игры совпадают с сезоном дождей, гнезда самки строят в апреле—мае. Постройка довольно неряшливая, из водной растительности и грязи. Число яиц в кладке 20–50. Самка все время инкубации (примерено 80 дней) находится рядом с гнездом, помогает детенышам выбраться из яиц и переносит их к водоемам.
Численность сиамского крокодила в настоящее время продолжает стремительно сокращаться. Считается, что он исчезнет или уже исчез на территориях тех стран, где численность популяции не превышает 100 особей. Главная причина сокращения численности сиамского крокодила – это ухудшение условий местообитаний, превращение болот в сельскохозяйственные угодья, а также отстрел животных, кожа которых используется в промышленности.
Существуют программы искусственного разведения сиамских крокодилов в Таиланде и интродуцирования их в природу. Но эта программа имеет существенные изъяны, так как обычно в качестве племенных животных берут сиамских крокодилов с крокодиловых ферм. А на них очень трудно найти животное чистых кровей, так как в условиях неволи сиамский крокодил часто образует гибриды с гребнистым. Использование такого генетического материала заметно ухудшает чистоту природных популяций.
В качестве отдельного вида, который называют C. raninus, предлагают выделить сиамского крокодила, обитающего на острове Борнео, однако есть предположение, что он является изолированной популяцией гребнистого крокодила C. porosus.Как бы то ни было, имеющихся данных недостаточно для того, чтобы решить вопрос о видовой принадлежности крокодилов, которых в силу традиции причисляют к сиамским крокодилам.
Сиамский крокодил относится к охраняемым видам, внесен в Красную книгу IUCN. Численность популяции оценивается в 5000 особей и продолжает сокращаться.