Оптимальными условиями для хранения пищевых яиц являются: температура не выше 4-20 °С и не ниже +3 °С, относительная влажность воздуха 75—85 %. В холодильнике яйца хранят при температуре от 0 °С до —2,5 °С и относительной влажности воздуха 85—88 %. Свежее яйцо имеет матовую поверхность за счет надскорлупной оболочки. Темт ная глянцеватая поверхность скорлупы с наличием точек в порах является признаком несвежести яиц.
Свежеснесенное яйцо имеет небольшую воздушную камеру, расположенную над скорлупой, при длительном хранении происходит испарение влаги и усушка содержимого. Очень большая воздушная камера — признак длительного и неправильного хранения яйца (высокая температура, сухой воздух).
Длительное хранение яиц приводит к потерям их пищевых достоинств (разрушению витаминов, аминокислот). 

Нежелателен перепад температуры и влажности в процессе хранения яиц, поскольку это приводит к оседанию влаги на скорлупе и развитию плесени, микробов, которые проникают внутрь яйца и делают его непригодным в пищу.
Существует несколько способов, предупреждающих испарение воды из яиц. Их кладут в дуршлаг и опускают на 20—30 с в кипящую воду. При этом под скорлупой образуется тонкий слой свернувшегося белка, который предохраняет от испарения влаги из яйца. Такие яйца можно хранить в прохладном месте длительный срок.
Простой старинный способ хранения пищевых яиц в древесной золе, отрубях, которые находятся в сухом помещении. Однако этот метод менее надежен, так как яйцо может приобрести запах. Яйца иногда смазывают жиром — вазелином, свиным салом или хранят в известковой воде. При длительном хранении в известковом растворе скорлупа яиц становится хрупкой, а яйцо приобретает щелочной привкус.
Необходимо помнить, что при длительном хранении яйца могут приобрести неприятный запах (скипидара, рыбьего жира и др.) в зависимости от совместного хранения с другими продуктами или упаковочного материала. Например, скипидарный запах яиц связан с использованием в качестве упаковочного материала стружки хвойных пород деревьев.